สำนักงานสาธารณสุขจังหวัดแม่ฮ่องสอนเริ่มก่อตั้งในปี 2465 โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อเป็นหน่วยงานทำหน้าที่ดูแลสุขภาพของประชาชนจังหวัดแม่ฮ่องสอน มีขุนอนุวิทย์เวชการเป็นนายแพทย์สาธารณสุขจังหวัดแม่ฮ่องสอนคนแรก เริ่มก่อตั้งครั้งแรกนั้นสำนักงานสาธารณสุขยังเป็นหน่วยงานขนาดเล็ก ตั้งอยู่ในศาลากลางจังหวัดแม่ฮ่องสอน ต่อมาเมื่อจังหวัดแม่ฮ่องสอนมีประชากรเพิ่มมากขึ้น ประกอบกับภารกิจด้านสุขภาพที่ต้องดูแลทั้งด้านการส่งเสริมสุขภาพ การป้องกันควบคุมโรค การรักษาพยาบาล และการฟื้นฟูสภาพของผู้รับบริการ สำนักงานสาธารณสุขจังหวัด จึงเป็นองค์กรที่ขยายตัวขึ้น มีจำนวนเจ้าหน้าที่มากขึ้น ดังนั้น จึงได้ย้ายที่ตั้งจากศาลากกลางจังหวัดแม่ฮ่องสอนมาอยู่ที่ เลขที่ 219 ถนนขุนลุมประพาส ตำบลจองคำ อำเภอเมือง จังหวัดแม่ฮ่องสอน บนเนื้อที่ 5 ไร่ ตั้งแต่วันที่ 15 มกราคม 2523 เป็นต้นมา โดยมีผู้ดำรงตำแหน่งนายแพทย์สาธารณสุขจังหวัดแม่ฮ่องสอนดังรายนามต่อไปนี้

        อำนาจหน้าที่ ของสำนักงานสาธารณสุขจังหวัดแม่ฮ่องสอน ได้กำหนดตาม กฎกระทรวง แบ่งส่วนราชการสำนักงานปลัดกระทรวง กระทรวงสาธารณสุข พ.ศ. ๒๕๕๒ ซึ่งมีรายละเอียด ดังนี้ (click เพื่อดุรายละเอียดที่นี่)